Jean-Marc Andrieu débute ses études musicales au Conservatoire National de Région de Toulouse où il obtient rapidement les premiers prix de flûte à bec, musique de chambre et solfège.
Poursuivant des études de musicologie à Toulouse, il se passionne pour la musique ancienne et part se perfectionner dans le jeu de la flûte à bec et l’interprétation au Conservatoire Sweelinck d’Amsterdam auprès des plus grands spécialistes mondiaux. Il est titulaire des certificats d’aptitude de flûte à bec, de direction de chœur et de directeur de conservatoire. J-M. Andrieu a été directeur du Conservatoire de Montauban de 1991 à 2020.
En 1986, il crée à Toulouse un ensemble instrumental baroque dont la notoriété ne cessera de grandir et qui deviendra en 1991 l’Orchestre Baroque de Montauban, puis Les Passions en 2003. A la tête de cet ensemble il est régulièrement invité par de nombreux festivals prestigieux. En 2011 il fonde le Festival Passions Baroques à Montauban, ville où l’Orchestre est en résidence, qui se déploie depuis 2019 dans le Tarn-et-Garonne également. Il a reçu l’Orphée d’or pour le 50è anniversaire de l’Académie du disque lyrique à l’Opéra Bastille, le Coup de Cœur de l’Académie d’Occitanie des Arts, Lettres, Sciences et Traditions Populaires à Toulouse, le Prix Charles Mouly de l’Académie des Arts, Lettres et Science de Languedoc dans les salons du Sénat à Paris et le Grand prix de l’Académie d’Occitanie.
Au-delà du grand répertoire baroque (Bach, Haendel, Vivaldi, …), il s’attache à faire revivre des œuvres inédites ou oubliées et montre une âme de découvreur de partitions rares pour lesquelles il réalise un très important travail de restitution. Son intégrale des œuvres majeures de Jean Gilles, à la scène comme au disque, est une référence de portée internationale.
Sur proposition du Ministère de la Culture il en rédige la biographie pour le Livre des Commémorations nationales 2018. En 2016 son interprétation d’œuvres rares d’Antoine-Esprit Blanchard a été plébiscitée. En 2022 sa direction de l’opéra Daphnis et Alcimadure de Mondonville a rencontré un véritable succès médiatique et réuni divers publics : celui de l’opéra, de la musique baroque et le monde occitan.
Sa double compétence de chef d’orchestre et chef de chœur, l’amène à diriger régulièrement à des programmes et des enregistrements de musique baroque ou lyrique tant en France qu’à l’étranger. Il est fréquemment sollicité au titre de membre de jury de concours.
Jean-Marc Andrieu est Chevalier des Arts et des Lettres et Officier des Palmes académiques.